Wasser
Die besondere Bedeutung der Wasser-Ökosysteme liegt in ihrer Biodiversität. Drei sehr wichtige Natura 2000-Habitattypen sind in den Wasserökosystemen des Nationalparks vertreten: Oligo- bis mesotrophe kalkhaltige Gewässer mit Armleuchteralgen-Vegetation (Characeae) (3140), Flüsse mit Vegetation des Ranunculion fluitantis und des Callitricho-Batrachion (3260) und die Sinterbarrieren der Karstflüsse der Dinariden (32A0).
Im Habitattyp 3260 wächst häufig auch die Natura 2000-Zielart Kriechender Sellerie Apium repens, der an feuchten und nassen Standorten wie feuchten Wiesen, Gräben, seichten Tümpeln oder Flussarmen gedeiht. An anderen Natura-Arten, die mit Wasserhabitaten verbunden sind, sind im Park folgende vertreten: die Vogel-Azurjungfer Coenagrion ornatum, der Bachkrebs Austropotamobius torrentium, der Eisvogel Alcedo atthis, die Langfußfledermaus Myotis capaccinii und der Fischotter Lutra lutra. All diese Arten benötigen eine gute Wasserqualität und ihre Anwesenheit zeugt von der Qualität und der guten Erhaltung der Wasserhabitate. Neben den Natura-Zielarten finden wir in den Wasserhabitaten auch viele andere interessante und wichtige indikatorische Arten sowie endemische, gefährdete und streng geschützte Arten wie zahlreiche Arten von Kieselalgen, Algen und Moosen, Köcherfliegen (Trichoptera), Libellen (Odonata), Steinfliegen (Plecoptera), den Europäischen Flusskrebs Astacus astacus, die Forelle Salmo trutta, den Alpensalamander Salamandra atra, den Alpen-Kammmolch Triturus carnifex und die Wasseramsel Cinclus cinclus.
Wichtige Habitate bilden auch die Sumpfgebiete wie das Ufer der Liman Draga, die Arme des Prošćansko Jezero, die Arme der Bijela Rijeka, Sedimentablagerungen in der Bijela Rijeka, einige Gebiete am Matic und andere.