Vodena staništa
Iznimno velika vrijednost vodenih ekosustava leži u njihovoj bioraznolikosti. Tri vrlo važna Natura 2000 stanišna tipa zastupljena su u vodenim ekosustavima Nacionalnog parka: Tvrde oligo-mezotrofne vode s dnom obraslim parožinama (Characeae) (3140), Vodni tokovi s vegetacijom Ranunculion fluitantis i Callitricho-Batrachion (3260) i Sedrene barijere krških rijeka Dinarida (32A0).
Uz stanišni tip 3260 često je uklopljena i ciljna Natura vrsta puzavi celer Apium repens koji raste na vlažnim i vodenim staništima kao što su vlažne livade, jarci i plitke bare te riječni rukavci. Od ostalih Natura vrsta, vezanih uz vodena staništa, u Parku su zastupljene: istočna vodendjevojčica Coenagrion ornatum, potočni rak Austropotamobius torrentium, vodomar Alcedo atthis, dugonogi šišmiš Myotis capaccinii i vidra Lutra lutra. Sve ove vrste zahtijevaju vodu dobre kakvoće te njihova prisutnost ukazuje na kvalitetu i očuvanost vodenih staništa. Osim ciljnih Natura vrsta u vodenim staništima nalazimo i mnoge druge zanimljive, važne, indikatorske vrste te endemske, ugrožene i strogo zaštićene vrste kao što su brojne vrste dijatomeja, algi i mahovina, tulari (Trichoptera), vretenca (Odonata), obalčari (Plecoptera), riječni rak Astacus astacus, potočna pastrva Salmo trutta, crni daždevnjak Salamandra atra, veliki alpski vodenjak Triturus carnifex te vodenkos Cinclus cinslus.
Važna staništa predstavljaju i zamočvareni lokaliteti kao što su: obala Liman drage, rukavci Prošćanskog jezera, rukavci Bijele Rijeke, akumulacije na Bijeloj rijeci, lokaliteti uz Maticu i dr.