Šišmiši su jedini sisavci koji lete. U Europi je zabilježeno 45 vrsta, u Hrvatskoj 34 vrste, a u Nacionalnom parku Plitvička jezera čak 22 vrste. Hrane se isključivo kukcima, a tek im je vrlo velik (jedan šišmiš u jednoj večeri može pojesti i 1000 kukaca), tako da su izrazito dobri regulatori njihove brojnosti. Skloništa su im u špiljama, napuštenim antropogenim objektima, pukotinama stijena i starim deblima.
Praćenje stanja šišmiša u Nacionalnom parku Plitvička jezera provodi se od 2015. godine. Monitoring se vrši u četiri špiljska objekta: Vila jezerkinja, Barićeve špilje, Modra pećina i Mračnjača te u nadzemnom objektu Vila Izvor.
Ulazni portal špilje Mračnjače (Foto: Ana Pusic) 
Ulaz u špilju Vilu jezerkinju (Foto: Ana Pusic)
Korištene metode: mreža za hvatanje, ultrazvučni detektori za slušanje eholokacija šišmiša (za determinaciju vrsta roda Rhinolophus u letu), izravno prebrojavanje, prebrojavanje jedinki s fotografija te subjektivna procjena. Svim navedenim metodama koristilo se na način da se šišmiši ne uznemiravaju, ili da se uznemiravanje svede na najmanju moguću mjeru.
Monitoring vrši Hrvatsko biospelološko društvo u suradnji s djelatnicima Stručne službe Parka.
Modra pećina je najznačajniji lokalitet za porodiljne kolonije vrsta: Miniopterus schreibersii, Myotis capaccinii i Rhinolophus euryale, i najveća poznata porodiljna kolonija u Parku.
Mali potkovnjak (Rhinolophus hipposideros) (Foto: Karolina Kipson) 
Riđi šišmiš (Myotis emarginatus) (Foto: Marina Kipson)
Navedene objekte kao migracijsko, porodiljno i/ili hibernacijsko sklonište koristi veliki broj vrsta šišmiša. Tome vjerojatno ide u prilog i činjenica da su špiljski objekti ili nedostupni ili zatvoreni za turističke posjete, te su šišmiši tu neuznemiravani i rado ih koriste. Osim toga, Park obiluje brojnim staništima na kojima šišmiši love plijen: šume, površina vode, livade i travnjaci i dr. I upravo raznolikost staništa, negospodaranje šumama, bogatstvo vodama i speleološki objekti podržavaju veliku raznolikost vrsta šišmiša kao i ukupnu biorazolikost.
