Briga o staništima te biljnim i životinjskim vrstama jedna je od glavnih zadaća Nacionalnog parka Plitvička jezera. Od iznimne važnosti za Park su vodena staništa, izvori, potoci i jezera. Ta staništa i njihova kvaliteta od primarnog su značenja za formiranje sedrenih barijera, pa tako i za nastanak danas jedinstvenog sustava od 16 jezera međusobno odijeljenih slapovima.
Ta staništa podržavaju veliku biljnu i životinjsku raznolikost. Istraživanjem riba u Parku utvrđeno je deset vrsta, od čega su samo četiri autohtone ili domaće dunavska pastrva, pijor, talijanski zlatni vijun i dvoprugasti vijun. Šest vrsta su alohtone ili strane vrste: kalifornijska pastrva, atlantska pastrva, crvenperka, klen, zlatovčica i štuka. Crvenperka i klen, uneseni u sustav jezera kao mamac za pastrvu kad je lov na tu vrstu još bio dozvoljen, danas su velika prijetnja autohtonim vrstama i samom jezerskom sustavu.
Brojnost dunavske pastrve, zbog pretjeranog lova nekad, a danas krivolova, promjena u stanišnim uvjetima, ali i zbog konkurencije za hranu i prostor s alohtonim vrstama i izravne predacije od strane štuke, vrlo je mala i u daljnjem opadanju.Brojnost pijora i vijuna je također iz sličnih razloga u opadanju.
Aktivne mjere zaštite
Kako bi se sačuvao vodeni ekosustav u svojoj naravi, s autohtonim vrstama kao dominantnim, Nacionalni park Plitvička jezera provodi aktivne mjere zaštite. Aktivnost u suradnji provode djelatnici Nacionalnog parka Plitvička jezera, Prirodoslovno-matematičkog fakulteta u Zagrebu i Slatkovodnog akvarija Aquatika iz Karlovca.
U svibnju 2021. godine krenulo se s aktivnim izlovom alohtonih vrsta iz Prošćanskog jezera, kao prvog u nizu jezera. Kalifornijska pastrva, koja je izravna konkurencija dunavskoj pastrvi za prostor i hranu, aktivno se lovi po manjim vodotocima elektroagregatom. Od svibnja do listopada 2021. godine, svaki mjesec, pet dana u tjednu bacale su se mreže i izlovljavale su se strane vrste u Prošćanskom jezeru. U vremenskom periodu od 27.05.2021. – 21.10.2021. godine izvađeno je ukupno oko 530 kg crvenperke, oko 120 kg klena i oko 50 kg štuke. Izlovljene alohtone vrste, koriste se kao hrana životinjama u Zoološkom vrtu Grada Zagreba.
Istovremeno, mrijestom autohtonih linija dunavskih pastrva u suradnji s mrijestilištem Gacka , stvara se mlađ koja se oslobađa u potoke, a sve kako bi se povećala brojnost ove vrste. Po isteku prve godine, ustanovljen je znatan pad brojnosti alohtonih riba te će se kao što je bilo i planirano, ova aktivnost nastaviti tokom sljedećih nekoliko godina, kada će se izlovljavati na svim jezerima. Ove godine izlov se provodi ponovno na Prošćanskom jezeru i to pojačanim intenzitetom, a planira se početak izlova i na jezeru Ciginovac. Samo aktivnim mjerama i intenzivnim izlovom možemo pomoći ispraviti greške koje smo napravili u prošlosti i pomoći sustavu da se vrati u svoje prirodno stanje.
