Šišmiši su jedini sisavci koji aktivno lete. Aktivni su noću. Šišmiši nisu slijepi, imaju oči kojima vide, ali kako je noću, kad su aktivni, vidljivost jako loša, u prostoru se orjentiraju eholokacijom. U Hrvatskoj su zabilježene 34 vrste, a u NPPJ čak 23 vrste. Sve vrste šišmiša u Hrvatskoj su zaštićene.
Istraživanje i praćenje stanja šišmiša u Parku provodi se već dugi niz godina. Hrvatsko biospeleološko društvo u suradnji s djelatnicima Službe zaštite Parka provode “Istraživanje i praćenje šišmiša u speleološkim i nadzemnim objektima NPPJ”. Šišmiše je najlakše pratiti dok su u stanju mirovanja, u špiljama i drugim antropogenim objektima, danju ili tokom zimskog mirovanja.
Cilj praćenja je utvrditi stanje populacija pojedinih vrsta šišmiša u NPPJ, stanje speleoloških i nadzemnih objekata koji im služe kao mjesta za zimsku hibernaciju, porodiljne kolonije ili samo kao mjesta za odmor tokom toplijeg dijela godine.
Šišmiši su izvrsni indikatori stanja ekosustava u kojem se nalaze te je njihovo praćenje odličan alat za praćenje stanja u prirodi, utjecaja klimatskih promjena i djelovanja čovjeka.