Određivanje hidromorfološkog stanja vodotoka obuhvaća hidrološki režim, neprekinutost (kontinuitet) toka i morfologiju korita (uključena je i vegetacija u koritu i na obali), a smatra se interdisciplinarnim područjem koje povezuje hidrologiju i geomorfologiju te je dio Okvirne direktive o vodama.
Istraživanja vezana za hidromorfologiju potoka Plitvica proveo je Geografski odsjek Prirodoslovno-matematičkog fakulteta sa završetkom istraživanja isporukom završnog izvještaja 2021. godine. Korišten je standardni metodološki pristup u istraživanju i analizi reljefnih značajki prostora (određivanje nagiba istraživanog područja, reljefne raščlanjenosti, morfogenetske značajke reljefa), zatim su definirana hidrološka obilježja područja, flora i vegetacija potoka i priobalne zone te je finalno utvrđena hidromorfološka ocjena potoka Plitvice.
Uz već poznate zone poniranja potoka Plitvica, istraživanjem su utvrđene nove zone poniranja u nizvodnom dijelu toka te potencijalna mjesta poniranja u uzvodnom dijelu toka. Definirana je ukupna duljina potoka Plitvice koja iznosi 4,15 km, a sam izvor se nalazi na 607 metara. Topografsko porječje potoka obuhvaća površinu od 14,38 km2 te je izračunat i koeficijent pošumljenosti koji iznosi 88,3 %. Vodenu vegetaciju u izvorišnom dijelu čine mahovine koje se nizvodno gube iz korita i uglavnom zadržavaju na slapovima, a u nizvodnom ujezerenju potoka nalaze se alge parožine i niski tršćaci. Pojaseve uz obalu, ukoliko nisu prestrmi, obrasta vrba rakita.
Na potoku Plitvici postoji nekoliko umjetnih pregrada koje djeluju na uzdužnu povezanost, a odnose se na branu na samom izvorištu, antropogeno izmijenjeni slap Hajduković mlina i podzidanu cestu i most iznad Velikog slapa. Hidromorfološka ocjena utvrđena je za svaki od tri odsječka potoka posebno te su tako dva odsječka ocijenjena ocjenom gotovo prirodnog (vrlo dobrog) stanja, dok je zadnji odsječak ocijenjen ocjenom neznatno promijenjenog stanja. Ukupna hidromorfološka ocjena potoka Plitvica opisuje gotovo prirodno (vrlo dobro) stanje vodnog tijela.
Izvor potoka Plitvica 
Potok Plitvica – Nizvodni dio toka
